Die EU-Kommission droht erneut mit Wiederaufnahme des Vertragsverletzungsverfahrens gegen Deutschland. Es wird kritisiert, dass die betroffenen Flächen zu stark reduziert worden sind. Die in der Allgemeinen Verwaltungsvorschrift zur Ausweisung von mit Nitrat belasteten und eutrophierten Gebieten geregelte Modellierung der belasteten Gebiete hat eine Reduktion von 3,5 auf etwa 2 Mio. ha landwirtschaftlich genutzte Fläche ermöglicht. Sofern das Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL) die Kommission nicht von der Richtigkeit der angewandten Modelle überzeugen kann, müssen die roten Gebiete wieder deutlich ausgeweitet werden. Bis zu 1,5 Mio. ha wären dann zusätzlich von den strengen Regelungen für belastete Gebiete betroffen: 20% Unterdüngung, längere Sperrfristen, maximal 80 kg Mineraldünger etc.
Bereits im Juni 2021 hatte die EU-Kommission die Ausweisung der roten Gebiete in einem Schreiben an Deutschland kritisiert. Beispielsweise, dass 80% der belasteten Grundwassermessstellen (mehr als 50 mg N/l) lägen außerhalb der roten Gebiete. 40% bzw. 25% lägen mehr als 100m bzw. mehr als einen km von diesen Gebieten entfernt. Die aktuelle Ausweisung roter Gebiete auf Grundlage des gewählten Modellierungsansatzes führe zu einer deutlichen Reduzierung (75%) der belasteten Gebiete. Außerdem führe der aktuelle Modellierungsansatz dazu, dass rote Gebiete auf Basis aktueller Aktivitäten und nicht historischer Verschmutzung ausgewiesen würden. Auch dass einzelne Bundesländer noch keine eutrophen („gelben“) Gebiete ausgewiesen, moniert die EU-Kommission.
Seit Ende Juli 2021 finden Gespräche mit Kommissionsvertretern statt, in denen Deutschland sein Vorgehen bei der Gebietsausweisung erläutert. Das BMEL ist bemüht, die Kommission anhand der konkreten Ausgestaltung in einigen Bundesländern von der Passgenauigkeit der Modellierungsansätze zu überzeugen. Sofern die Kommission die Argumentation Deutschlands nicht akzeptiert, kann es zu einem Wiederaufleben der Klage gegen Deutschland kommen. Dann kämen Bund und Länder nicht umhin, die Düngeregeln erneut nachzuschärfen.